在微波殺菌技術不斷提高的過程中，它也被越來越多的行業所應用。

微波殺菌在工業生產中和微生物實驗中應用比較。微波殺菌不需要添加化學防腐劑，因而是以后總物理殺菌方法，殺菌過程中不會對食品殘留毒性也不會改變食品的營養成分，因此是安全無害的。同時在同等殺菌溫度下，用時短效果好，避免因長時間加熱影響食品品質，對于既要保持色澤、香味和口感不變等質量要求又需殺菌的物料，使用微波殺菌可取得佳效果。根據微波殺菌的前后順序又可以分為兩類：包裝后殺菌和包裝前殺菌，一般用塑料軟包裝或玻璃，以工程塑料質地容器為宜。同時為防止在微波殺菌過程中漲袋，設備可在工作倉內施加壓力采用反壓殺菌工藝，防止漲袋損失。

微波殺菌技術的應用，在食品衛生等領域取得了良好的使用價值。