微波中藥輔助提取機理是微波輻射高頻電磁波穿透萃取介質，到達物料的內部維管束和腺胞系統。由于吸收微波能，細胞內部溫度迅速上升，使其細胞內部壓力超過細胞壁膨脹承受能力，細胞破裂。細胞內有效成分自由流出，在較低的溫度條件下提取介質捕獲并溶解。通過進一步過濾和分離，便獲得提取物料.微波能是一種能量形式，它在傳輸過程中能對許多由極性分子組成的物質產生作用，微波電磁場使物質的分子產生瞬時極化。當我們用頻率為2450MHz的微波能作萃取時，溶質或溶劑的分子并以24.5億次／秒的速度做極性變換運動，從而產生分子之間的相互摩擦、碰撞，促進分子活性部分（極性部分）更好地接觸和反應，同時迅速生成大量的熱能，促使細胞破裂，使細胞液溢出來并擴散到溶劑中。用溶劑提取中草藥有效成分常用浸漬法、滲漉法、回流提取法及連續回流提取法等、從原理上來講均可以加入微波進行輔助提取，使之成為中草藥有效提取設備。1、傳統熱萃取是以熱傳導、熱輻射等方式由外向里進行，而微波輔助提取是里外同時加熱。沒有高溫熱源，消除了熱梯度，從而使提取質量大大提高，有效地保護食品、藥品以及其他化工物料中的功能成分；2、由于微波可以穿透式加熱，提取的時間大大節省。根據大量的現場數據統計，常規的多功能萃取罐8小時完成的工作，用同樣大小的微波動態提取設備只需幾十分鐘便可完成。3、微波能有超常的提取能力，同樣的原料用常規方法需兩、三次提凈，在微波場下可一次提凈。大大簡化工藝流程。5、微波提取沒有熱慣性，易控制，所有參數均可數據化，和制藥現代化接軌。6、微波提取物純度高，可水提、醇提、脂提。適用。7、提取溫度低，不易糊化，分離容易，后處理方便。節省能源.8、溶劑用量少（可較常規方法少50％～90％）；9、微波設備是用電設備，不需配備鍋爐，無污染、安全、屬于綠色工程；10、生產線組成簡單，節省投資；目前已經開發出來的微波提取設備適應于我國各類大、中、小企業的食品和制藥工程。

  微波輻射技術在食品工業、制藥工業和化學工業上的應用研究雖然起步只有短短幾年的時間，但已有的研究成果和應用成果已足以顯示其性：在實驗室中已經完成香料、調味品、天然色素、中草藥、化妝品、保健食品、飲料制劑等產品微波萃取工藝的研究。目前微波萃取已經用于多項中草藥的侵取生產線之中，如葛根、茶葉、銀杏、和甘草等。微波輔助提取已列為我國二十一世紀食品加工和中藥制藥現代化推廣技術之一。研究機構用微波提取方法處理了上百種天然植物。無論是提取速度、提取效率還是提取品質均取比常規工藝得多的結果。